Urinary culture sensitivity after a single empirical antibiotic dose for upper or febrile urinary tract infection: A prospective multicenter observational study
Gregor John et al.
Clinical Microbiology and Infection, 12/03/2022
DOI : 10.1016/j.cmi.2022.02.044
Par le Docteur Anne-Lise Munier (Infectiologue, Lariboisière, Paris)
La sensibilité de l’ECBU chez un patient ayant reçu une antibiothérapie préalable n’est pas connue. En pratique courante, le recueil de l’ECBU avant de débuter une antibiothérapie probabiliste n’est pas toujours possible (urgence vitale pour les infections urinaires hautes, ne permettant pas de retarder le début du traitement, retard à la miction) ce qui pose des difficultés de documentation et d’interprétation des résultats pour ces infections qui sont parmi les plus fréquentes. De plus, recourir à des moyens invasifs comme la pose d’une sonde urinaire pour recueillir les urines avant l’antibiothérapie expose à d’autres complications.
Un ECBU réalisé précocement après une 1ere dose d’antibiotique est-il interprétable ?
C’est l’objet de cette étude
Matériel et méthodes
Il s’agit d’une étude prospective observationnelle réalisée aux urgences de 4 hôpitaux suisses entre février 2019 et juin 2021. Pour chaque patient consultant pour une infection urinaire haute ou fébrile, un ECBU était prélevé avant la première dose d’antibiothérapie probabiliste (ECBU0) puis sur les mictions successives du patient après l’antibiothérapie (jusqu’à 3 mictions : ECBU1, ECBU2, ECBU3). Les patients porteurs d’une sonde urinaire depuis plus de 24 heures étaient exclus ainsi que ceux ayant reçu des antibiotiques dans la semaine précédente, les patients allergiques aux bétalactamines ou ceux ayant eu une chirurgie urologique ou gynécologiques dans les 6 dernières semaines.
L’objectif principal du travail était d’évaluer le nombre d’ECBU positifs (≥103 CFU pour les hommes et ≥104 pour les femmes) après la première dose d’antibiothérapie. Les objectifs secondaires étaient d’évaluer le temps de négativation de l’ECBU sous traitement, l’identification bactérienne et l’identification de la résistance aux antibiotiques, l’impact sur l’adaptation de l’antibiothérapie.
Résultats
Sur les 103 patients inclus, 86 ont pu être analysés. Soixante-deux des patients étaient des femmes (71%), et l’âge médian était de 58,4 ans.
99% des ECBU prélevés avant l’antibiothérapie (ECBU0) étaient positifs contre seulement 35% pour l’ECBU1, 30% pour l’ECBU2 et seulement 7% pour l’ECBU3 chez des patients ayant reçu en majorité de la Ceftriaxone en probabiliste (91%).
D’autre part, l’identification de la résistance aux antibiotiques des uropathogènes retrouvés sur l’ECBU0 était rapidement manquée (67% sur l’ECBU1 et jusqu’à 100% sur l’ECBU3). Une heure et demie était nécessaire pour négativer 25% des cultures, 2.9 heures pour stériliser 50% des cultures et 9h pour en stériliser 75%.
Certains critères retardaient la négativation des ECBU : l’âge avancé (> 58 ans), le sexe masculin, une infection liée à un pathogène autre que E. coli, une uropathie sous-jacente, la présence de comorbidités et la présence d’une sonde urinaire. Cependant, aucun n’était statistiquement significatif.
Tandis que l’ECBU0 était majoritairement monomicrobien (93%) à BGN (92% dont une majorité d’E. coli), les ECBU suivants étaient plus souvent polymicrobiens avec une augmentation des Gram positifs dont Enterococcus faecalis et des levures.
Interprétation/ Commentaires
La sensibilité de l’ECBU diminue très rapidement après la première dose d’antibiothérapie et la moitié des ECBU seront rendus négatifs seulement 3h après l’antibiothérapie initiale. L’interprétation des ECBU ultérieurs est également rendue plus difficile en raison de la pression de sélection qui augmente la proportion de germes potentiellement contaminants et diminue la spécificité de l’ECBU. L’antibiothérapie peut donc être adaptée à tort à une autre bactérie comme un entérocoque. Enfin l’identification de la résistance aux antibiotiques de la bactérie responsable peut être manquée. L’impact sur la prise en charge thérapeutique est donc très important.
Des limites à ce travail existent. Il n’y a pas de groupe contrôle. Le nombre de prélèvements décroit à distance de l’antibiothérapie et seuls 15 patients ont pu être analysés pour la 3e miction ce qui limite l’interprétation à distance.
Cependant, au vu de ces résultats retrouvant une baisse rapide de la sensibilité et de la qualité du prélèvement microbiologique, on peut conclure que le prélèvement doit être réalisé avant toute antibiothérapie. Ceci pourrait plaider pour un recueil des urines de manière invasive (sondage aller-retour) si la miction spontanée ne pouvait pas être obtenue. Si le prélèvement n’a pas pu être fait dans les temps, les urines doivent être recueillies le plus rapidement possible après la dose d’antibiotiques et les résultats devront être interprétés avec prudence. Si nécessaire, le seuil de 105 CFU pourrait être abaissé pour améliorer la sensibilité du résultat.
Références
- Nicolle LE, Gupta K, Bradley SF, Colgan R, DeMuri GP, Drekonja D, et al. Clinical practice guideline for the management of asymptomatic bacteriuria: 2019 update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2019;68:1611e5.
- Price TK, Dune T, Hilt EE, Thomas-White KJ, Kliethermes S, Brincat C, et al. The clinical urine culture: enhanced techniques improve detection of clinically relevant microorganisms. J Clin Microbiol 2016;54:1216e22.