Bacterial and fungal co-infection in individuals with coronavirus : A rapid review to support COVID-19 antimicrobial prescribing
Timothy M Rawson, Luke SP Moore, Nina Zhu, Nishanthy Ranganathan, Keira Skolimowska, Mark Gilchrist, Giovanni Satta, Graham Cooke, Alison Holmes
Clinical Infectious Disease, 2 May 2020 (doi: 10.1093/cid/ciaa530)
Analyse commentée réalisée par le Dr Anne-Lise Munier (hôpital Lariboisière)
La présentation clinique des patients hospitalisés pour une infection à COVID 19 n’est pas toujours très différente de celle d’un patient pris en charge pour une pneumopathie.
Dans le contexte pandémique, il n’est donc pas surprenant qu’un grand nombre de patients pris en charge pour une infection à COVID-19 aient reçu une antibiothérapie probabiliste.
Pour limiter les conséquences d’antibiothérapies inadaptées ou inutiles (effets indésirables multiples dont diarrhées, toxicité cardiaque et émergence de résistance bactérienne), une évaluation des bénéfices attendus est donc nécessaire.
Les auteurs ont pour cela réalisé une revue de la littérature concernant les coinfections bactériennes ou fongiques chez les patients pris en charge pour une infection à coronavirus.
Matériel et méthodes
Les publications concernant les co-infections bactériennes ou fongiques chez les patients pris en charge pour une infection à Coronavirus (COVID-19 mais également MERS, SARS-COV-1 et autres coronavirus) entre janvier 2000 et avril 2020 ont été recherchées.
La revue de la littérature a été faite de manière indépendante par 2 auteurs. Les cas pédiatriques étaient inclus.
Résultats
Mille sept résumés ont été revus et 18 études ont été inclues dans l’analyse finale.
Neuf études (50%) concernaient le COVID-19, 28% le SARS-COV-1, 6% le MERS et 17% d’autres coronavirus. Il est à noter que 78% des études COVID-19 étaient des études chinoises.
On retrouve 8% de co-infections bactériennes ou fongiquesau cours de l’hospitalisation sur les séries concernant COVID-19. Beaucoup de données manquent concernant l’origine des patients (soins intensifs ou non) et le caractère nosocomial ou non de l’infection. De même le type de prélèvement n’est pas toujours connu (crachat, aspiration trachéale ou hémocultures) et les germes retrouvés ne seraient pas toujours considérés comme pertinents (prélèvements polymicrobiens,Candida albicanshabituellement considéré comme non pathogène sur un prélèvement respiratoire).
Malgré le taux faible de co-infection bactérienne ou fongique, le taux de prescription d’antibiotiques atteignait 72%, habituellement des antibiotiques à large spectre.
Dans les infections à autres coronavirus, le taux de co-infection était de 11% et le taux de prescription d’antibiotiques très élevé (93%).
Discussion/Commentaires
Des limites à ces résultats sont à noter. Le travail ne concerne pas uniquement les infections à COVID 19. La majorité des études retenues sont asiatiques alors que leur épidémiologie microbienne diffère sensiblement de la nôtre.
On note néanmoins que devant le faible taux de co-infection bactérienne ou fongique dans les infections à coronavirus, le bon usage des antibiotiques doit rester de mise.
Les macrolides ont été largement utilisés ces dernières semaines en raison de leur potentiel effet antiviral, seul ou en association avec l’hydroxychloroquine. Les données présentées ici (quasi absence de co-infection à bactéries atypiques) et les dernières publications sur le sujet ne sont pas en faveur de leur utilisation et soulignent le risque cardiaque de ces traitements.
Malgré les nombreuses données manquantes, une bonne proportion des co-infections bactériennes rapportées dans les études semblent être des infections liées aux soins (bactériémies sur cathéter, pneumopathie acquise sous ventilation) dues à des germes principalement nosocomiaux (Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii entre autres). L’antibiothérapie probabiliste à l’admission doit donc être limitée aux seuls doutes diagnostiques initiaux ou aux patients ayant un terrain particulièrement à risque (pathologie pulmonaire chronique ou immunodépression)
Un renforcement des mesures d’hygiène hospitalière et de la surveillance de la résistance bactérienne en période de pandémie est donc primordial.
Le travail des équipes mobiles d’antibiothérapie est donc particulièrement important pendant cette période pour limiter les prescriptions inappropriées. Celui-ci est rendu difficile par la charge de travail et la restructuration des équipes médicales dans les hôpitaux qui ont été parfois contraints de suspendre l’activité des référents en antibiothérapie.
Références
1- Chen N, Zhou M, Dong X, et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet 2020; 395:507–513.
2- Mandeep R Mehra, Sapan S Desai, Frank Ruschitzka, Amit N Patel. Hydroxychloroquine or Chloroquine With or Without a Macrolide for Treatment of COVID-19: A Multinational Registry Analysis. Lancet. 2020 May 30:S0140-6736(20)31249-6.
3- Rawson TM, Moore LSP, Castro-Sánchez E, et al. COVID-19 and the potential long term impact on antimicrobial resistance. J Antimicrob Chemother 2020;